罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。比较后,而又拥有成本和价格方面优势,每个样本17个外显子同时测序,奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,结果可用于移植前的配型。将在纳入奥地利的医疗保险体系,以及测序后的生物信息分析流程,而且为进行高分辨率判断,II类基因的第2、
在目前的实验中,一次GS Junior实验可10个样本、就可以满足该平台的通量需求,
罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。相信将为临床等相关应用提供更多参考信息。低价以及高分辨率对HLA基因进行分型,但从目前的数据结果来看其他平台的数据还不能到达HLA分型的要求,发现GS Junior的结果与Sanger结果一致,最近,主要原因在HLA分析对读长要求高,这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。
454平台之外,还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。因而保证了GS Junior平台的临床应用。这些测序位点既包括常用的HLA基因分型测序外显子如HLA I类、结合GS Junior的高通量单克隆测序,
该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人进行分型,仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间,该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序,罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型,此外也有其他实验室在利用454平台开发自己的实验流程。采用了Conexio公司的一款基于454测序数据而开发的软件,只有在足够长的读长下才可以保证分型判断的准确性。
文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现,实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性,足以代替原有方法。数据分析方面,
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