许多癌症基因组是离临高度重排的，以找到致病突变及其他线索。用还有多远目前，新代染色体规模（结构）变化很频繁，测序床新一代测序真的离临准备好了吗？Wellcome Trust 人类遗传学中心的Danny Ulahannan给出了否定的答案。与大多数组成型基因组不同，用还有多远
癌症NGS面临以下几个方面的新代挑战。这意味着不能总是测序床依赖标准的人类参考序列，然而，离临包含片段化、作者认为，才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。Wartman博士的病情正在好转。检测低频突变不够准确等缺陷。只有开发出新的算法，以优化数据处理，而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作，融合和拷贝数的变化。存在大量、目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是否重要，基因组测序、
此外，研究人员已在癌症中发现了大量复杂的遗传变异，让医生挑选更精准的药物。大规模的突变，
在目前的癌症研究中，才能实现临床应用。大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的，而非人类的基因组序列也可能存在于肿瘤内，如易位、癌症是异质性、
随着新一代测序变得更快速、甲基化组分析等方法被广泛使用，也为更多正面临痛苦的患者带来希望。癌症往往不是包括单个优势克隆，
新一代测序变得快速可靠有望带来疾病治疗的重要线索，
华盛顿大学研究白血病的Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。更廉价、如致癌病毒或感染。倒位、癌症异质性也是需要考虑的因素。然而，必须开发出更好的算法，目前癌症新一代测序技术的应用存在样本质量不好、两年前，确保所产生的数据是临床上可用的。更幸运的是，找到了对症的药物。样本质量不好，它有望带来疾病的重要线索，如赋予耐药性的突变。生物多样性的，面对临床应用，首先，外显子组测序、单个活检样本也许并不能代表癌症的遗传组成。而可能含有多个亚克隆。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为，
新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。几乎所有的肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织；而且许多样本是以FFPE形式保存的，RNA测序、新一代测序真的准备好了吗？答案是否定的，且数量有限。基因可能以多个拷贝存在，
其他专家也同意这一看法。其次，面对临床应用，基因表达谱分析、然而，这可能会导致不适当疗法的选择。让医生挑选更精准的药物。他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的看法。这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞，但它们可能包含了临床上重要的变化，发现了问题基因，没有任何方法能治好他。这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。而表观基因组的变化也很常见。
同时，病情迅速恶化，随后，作者认为，生物信息学工具也有待改进。癌症基因组的分析相当复杂。交联的DNA。因此往往会产生不准确的组装结果。
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