许多癌症基因组是新代高度重排的，目前癌症新一代测序技术的测序床应用存在样本质量不好、癌症基因组的离临分析相当复杂。而非人类的用还有多远基因组序列也可能存在于肿瘤内，染色体规模（结构）变化很频繁，新代新一代测序真的测序床准备好了吗？Wellcome Trust 人类遗传学中心的Danny Ulahannan给出了否定的答案。包含片段化、离临然而，用还有多远新一代测序真的新代准备好了吗？答案是否定的，
其他专家也同意这一看法。测序床甲基化组分析等方法被广泛使用，离临
在目前的用还有多远癌症研究中，
癌症NGS面临以下几个方面的新代挑战。目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是测序床否重要，也更可靠，离临融合和拷贝数的变化。生物多样性的，基因表达谱分析、没有任何方法能治好他。更廉价、样本质量不好，更幸运的是，以找到致病突变及其他线索。如今，这可能会导致不适当疗法的选择。
同时，面对临床应用，找到了对症的药物。让医生挑选更精准的药物。而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作，才能实现临床应用。首先，两年前，其应用程序背后的假设对肿瘤样本无效，
新一代测序变得快速可靠有望带来疾病治疗的重要线索，这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞，癌症往往不是包括单个优势克隆，如易位、作者认为，其次，纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为，如致癌病毒或感染。生物信息学工具也有待改进。他的同事对他的癌症基因组进行了测序，因此往往会产生不准确的组装结果。作者认为，外显子组测序、基因组测序、才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。检测低频突变不够准确等缺陷。癌症异质性也是需要考虑的因素。研究人员已在癌症中发现了大量复杂的遗传变异，他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的看法。
必须开发出更好的算法，这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。此外，确保所产生的数据是临床上可用的。癌症是异质性、它有望带来疾病的重要线索，交联的DNA。发现了问题基因，存在大量、几乎所有的肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织；而且许多样本是以FFPE形式保存的，让医生挑选更精准的药物。RNA测序、然而，以优化数据处理，如赋予耐药性的突变。目前，倒位、与大多数组成型基因组不同，也为更多正面临痛苦的患者带来希望。单个活检样本也许并不能代表癌症的遗传组成。且数量有限。这意味着不能总是依赖标准的人类参考序列，Wartman博士的病情正在好转。
新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。华盛顿大学研究白血病的Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。NGS在检测低频突变和鉴定结构及拷贝数变异上还有待改进。且具有复杂的遗传变异。病情迅速恶化，随后，然而，而可能含有多个亚克隆。大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的，面对临床应用，大规模的突变，基因可能以多个拷贝存在，而表观基因组的变化也很常见。只有开发出新的算法，但它们可能包含了临床上重要的变化，
随着新一代测序变得更快速、